Издательство Сибирского отделения РАН создано в августе 1994 года по решению Президиума СО РАН. На первом этапе перед Издательством была поставлена задача - наладить выпуск научных журналов, учредителем которых является Сибирское отделение. Для обеспечения высокого полиграфического уровня исполнения журналов и книг в Издательстве создается полиграфический цех. Уже начиная с 1995 года, в Издательстве издаются девять научных журналов Сибирского отделения: "Автометрия", "Гуманитарные науки в Сибири", "Журнал структурной химии", "Химия в интересах устойчивого развития", "Теплофизика и аэромеханика", "Физика горения и взрыва", "Прикладная механика и техническая физика", "Регион: экономика и социология", "Сибирский экологический журнал". В 1997 году к ним добавляется журнал "Физико-технические проблемы разработки полезных ископаемых".
В 1995 году в Издательстве создана книжная редакция, начат выпуск научных книг по тематическому плану издания научных монографий Сибирского отделения и по самостоятельным планам институтов. В том же году организован отдел подписки и распространения, наладивший тесные связи с агентствами, распространяющими научные периодические издания, библиотеками, учебными и научными учреждениями России и зарубежья.
По инициативе Издательства СО РАН совместно с издательскими центрами институтов и издающими организациями Сибирского отделения в 1995 году принято решение о создании Ассоциированного издательства СО РАН. В числе других в него вошли Издательство СО РАН, Научно-издательский центр Объединенного института геологии и геофизики СО РАН (издает журнал "Геология и геофизика" и научные монографии по наукам о Земле), Издательство Якутского научного центра. Основные цели создания ассоциации: укрепление и дальнейшее развитие всех входящих в нее организаций; повышение уровня проводимых работ; привлечение научной общественности и специалистов к совместному решению актуальных научно-технических и организационных проблем.
С 1997 года в Научно-издательском центре Объединенного института геологии и геофизики СО РАН начинают издаваться еще два научных журнала: "География и природные ресурсы" и "Криосфера Земли".
В 2000 году с целью совершенствования издательской политики Сибирского отделения в Издательстве СО РАН организуется вторая книжная редакция, Научно-издательский центр Объединенного института геологии и геофизики СО РАН преобразуется в филиал "Гео" Издательства СО РАН, а на базе Издательства Якутского научного центра создается Якутский филиал Издательства СО РАН. В 2006 году филиалы вышли из состава Издательства СО РАН.
В настоящее время в Издательстве работают восемь журнальных редакций и две книжных редакции, которые осуществляют редактирование и подготовку к изданию рукописей по широкому спектру научных направлений (физико-математические и физико-технические науки, химия и биология, экология и медицина, науки о Земле, экономика и социология, философия и право, археология и история, филология и литературоведение). Отдел маркетинга Издательства распространяет 33 научных журнала. Это научная периодика институтов Сибирского отделения, университетов и вузов г. Новосибирска. Территория распространения охватывает Россию, страны СНГ и зарубежья.
Основное направление деятельности Издательства СО РАН - выпуск научных, научно-популярных и учебных изданий. В 2002 году Издательству вручен Диплом конкурса "Золотая медаль Сибирской Ярмарки - Книга Сибири-2002" за поддержку и продвижение на международные книжные рынки специализированной научно-популярной литературы.
В начале 2004 года Издательство приняло участие в конкурсе АСКИ "Лучшие книги 2003 года" и награждено почетной грамотой Правления Ассоциации книгоиздателей "За подготовку и выпуск новой оригинальной серии научно-популярной литературы, посвященной значению науки в современной жизни".
Авторы книги "Насилие-ненасилие в современном образовании (или педагогика ненасилия как философская проблема)" - Наливайко Н.В. и Макарова Н.И. награждены Дипломом Фонда развития отечественного образования как лауреаты конкурса на лучшую научную книгу 2004 года среди преподавателей вузов.
В 2005 году Издательство приняло участие в конкурсе АСКИ "Лучшие книги 2004 года" и награждено почетной грамотой Правления Ассоциации книгоиздателей "За высокий уровень научно-исследовательской базы в книге Соскина В.Л. "Российская советская культура"".
Книга Невзгодина И.В. "Архитектура Новосибирска" награждена дипломом Союза архитекторов России в конкурсе на лучшее печатное издание об архитектуре и архитекторах.
В 2007 году почетную грамоту конкурса АСКИ получила книга «Авиация России. Военная авиация» авторов Голубицкого В.Г. и Маслакова С.В.
Автор книги «Психодиагностика в системе оценки персонала» Швецова Е.И. награждена Дипломом лауреата конкурса на лучшую научную книгу 2007 года, проводимого Фондом развития отечественного образования (г. Сочи).
В 2008 году диплом лауреата конкурса «Лучшая книга года» получила книга Константинова А.В. и Константиновой Н.Н. «Забайкалье: ступени истории (с древнейших времен до наших дней)».
На проведенном в 2009 году 18-м конкурсе АСКИ «Лучшие книги года» книга Издательства Базилевич Н.И., Титлянова А.А. Биотический круговорот на пяти континентах: азот и зольные элементы в природных наземных экосистемах стала победителем в номинации «Лучшее справочно-библиографическое оформление книги» и награжден дипломом и призом.
Издательство СО РАН входит в число базовых издательств фондов РФФИ и РГНФ, ежегодно принимает участие в конкурсе изданий, проводимом Федеральным агентством по печати и массовым коммуникациям.
За период 2001-2008 г. при поддержке РФФИ у нас издано 15 книг (455,5 уч.-изд.л.), при поддержке РГНФ 10 книг (201 уч.-изд. л.), по федеральной целевой программе "Культура России" 20 книг (409,5 уч.-изд.л.).
В 2008 году сайт Издательства стал лауреатом областного конкурса сайтов «Internet-проекты Новосибирской области», организованного по инициативе Новосибирской торгово-промышленной палаты, под патронажем Торгово-промышленной палаты Российской Федерации, при поддержке администрации Новосибирской области и мэрии г. Новосибирска и награжден грамотой и электронной медалью.
Книги и журналы Издательства СО РАН всегда можно увидеть на стендах ежегодных международных книжных ярмарок в Москве.
В настоящее время Издательство выпускает несколько
серийных изданий:
