ПРЕДВАРИТЕЛЬНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ПОЛНОГЕНОМНОГО DE NOVO СЕКВЕНИРОВАНИЯ ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ (LARIX SIBIRICA LEDEB.) И СОСНЫ КЕДРОВОЙ СИБИРСКОЙ (PINUS SIBIRICA DU TOUR)
К.В. Крутовский1,2,3,4, Н.В. Орешкова1,5, Ю.А. Путинцева1, А.А. Ибе1,6, К.О. Дейч1,6, Е.А. Шилкина1,6
1Сибирский федеральный университет, 660036, Красноярск, Академгородок, 50а/2
kkrutovsky@gmail.com
2Институт общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН, 119991, ГСП-1, Москва, ул. Губкина, 3
3Геттингенский университет, Германия, 37077, Геттинген, ул. Бюсгенвег, 2
4Техасский агро-механический университет, США, Техас, 77843, Колледж Стейшн
5Институт леса им. В. Н. Сукачева СО РАН, 660036, Красноярск, Академгородок, 50/28
oreshkova@ksc.krasn.ru
6Центр защиты леса Красноярского края, 660036, Красноярск, Академгородок, 50а/2
aaibis@mail.ru
Ключевые слова: геном, de novo секвенирование, лиственница сибирская (Larix sibirica Ledeb.), сосна кедровая сибирская (Pinus sibirica Du Tour)
Страницы: 79-83
Подраздел: ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДОВ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКИ ДЛЯ ОЦЕНКИ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ГЕТЕРОГЕННОСТИ ПОПУЛЯЦИЙ ОСНОВНЫХ ЛЕСООБРАЗУЮЩИХ ВИДОВ
Аннотация
В результате секвенирования ядерной ДНК сибирской лиственницы (Larix sibirica Ledeb.) и сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) с помощью высокопроизводительного секвенатора Illumina HiSeq2000 и последующей первичной обработки данных для лиственницы получено 2 906 977 265 высококачественных парноконцевых нуклеотидных сиквенсов (чтений) генома и просеквенировано (прочитано) 576 млрд пар нуклеотидных оснований (п. н. о.), что соответствует 48–кратной длине генома лиственницы (48Х покрытие), равного 12.03 млрд п. н. о., а для кедра получено 3 427 566 813 чтений генома (679 млрд п. н. о.), что соответствует 29–кратной длине (29Х покрытие) генома кедра (23.6 млрд п. н. о.). Этих данных пока недостаточно для полной сборки и аннотации данных геномов, но полученные нуклеотидные сиквенсы уже позволили обнаружить и разработать эффективные высокополиморфные молекулярно-генетические маркеры, микросателлитные локусы, необходимые для популяционно-генетических исследований и идентификации происхождения древесины. Также продолжаются исследования однонуклеотидных полиморфизмов (так называемых «снипов»). Кроме того, геномные исследования российских бореальных лесов и связанных с ними фитопатогенов позволят обнаружить биомаркеры для решения важных научных и хозяйственных задач по сохранению лесных генетических ресурсов и селекции более устойчивых к заболеваниям и неблагоприятным факторам среды пород с ускоренным ростом и улучшенной древесиной.
|
