ПОИСК ПЕРЕПРЕДСТАВЛЕННЫХ ХАРАКТЕРИСТИК ГЕНОВ: ОПЫТ РЕАЛИЗАЦИИ ПЕРЕСТАНОВОЧНОГО ТЕСТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРОВ
А.А. Якименко1, К.В. Гунбин2, М.С. Хайретдинов3
1Новосибирский государственный технический университет, 630073, г. Новосибирск, просп. К. Маркса, 20
al-le@yandex.ru
2Институт цитологии и генетики СО РАН, 630090, г. Новосибирск, просп. Академика Лаврентьева, 10
genkvg@bionet.nsc.ru
3Институт вычислительной математики и математической геофизики СО РАН, 630090, г. Новосибирск, просп. Академика Лаврентьева, 6
marat@opg.sscc.ru
Ключевые слова: графические процессоры, матрично-векторные операции, перестановочный тест
Страницы: 123-129
Подраздел: ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ И ИНФОРМАЦИОННО-ИЗМЕРИТЕЛЬНЫЕ СИСТЕМЫ
Аннотация
Предлагаются алгоритмический подход и программа для решения задачи поиска статистически значимых перепредставленных биологических характеристик генов из заданного множества. Задача связана с реализацией известного в биологии перестановочного (рандомизационного) теста. На основе учёта потенциальной возможности распараллеливания перестановочного теста разработана параллельная программа с реализацией на графических процессорах. Приводятся оценки эффективности применения разработанной программы на эмпирическом материале.
|
