Генетическая структура и географическая дифференциация популяций лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) на основе генотипирования генома путем секвенирования
С.В. Новикова1,2, Н.В. Орешкова1,2,3, В.В. Шаров1,2, В.Л. Семериков4, К.В. Крутовский1,5,6,7
1Сибирский федеральный университет, Красноярск, Россия
serafima_novikova_11@mail.ru
2Федеральный исследовательский центр “Красноярский научный центр СО РАН”, Красноярск, Россия
3Институт леса им. В. Н. Сукачева ФИЦ КНЦ СО РАН, Красноярск, Россия
4Институт экологии растений и животных УрО РАН, Екатеринбург, Россия
5Гёттингенский университет им. Георга-Августа, Гёттинген, Германия
6Институт общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН, Москва, Россия
7Воронежский государственный лесотехнический университет им. Г. Ф. Морозова, Воронеж, Россия
Ключевые слова: популяция, генетическая структура, Larix sibirica, адаптация, климатические переменные, хвойные, ddRADseq, SNP
Страницы: 675-691
Аннотация
Приведены результаты исследования генетической дифференциации популяций лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) в широтном градиенте климатических условий, полученные на основе генотипирования генома с помощью высокопроизводительного секвенирования геномных районов ДНК, ассоциированных с сайтами рестрикции (ddRADseq). Изучена также корреляция пяти основных климатических переменных с изменчивостью 47 929 генетических маркеров - однонуклеотидных полиморфизмов или “снипов” (от английского SNPs - single nucleotide polymorphisms). Всего изучено 125 деревьев: 61 дерево в четырех популяциях вдоль западной географической трансекты и 64 дерева в четырех популяциях вдоль восточной географической трансекты. Выявлен 21 SNPs с признаками отбора, включая 9 SNPs аутлайеров, чья изменчивость не может быть объяснена селективно-нейтральными процессами, и 12 SNPs, чья изменчивость коррелировала с изменчивостью некоторых климатических факторов. Семь SNPs расположены в интронах митохондриальных генов, три расположены вблизи митохондриальных генов, кодирующих NAD2 и рибосомальные белки S7 и S11, один на отдалении от ядерного гена, кодирующего белок, гомологичный связанному с микротрубочками futsch-подобному белку Arabidopsis thaliana, два в белковых генах неизвестной природы и три в контигах, не содержащих гены, и для которых не найдены гомологичные последовательности в NCBI GenBank.
DOI: 10.15372/SEJ20230509
EDN: EJBTYM
|
